أكثر اكتشافات طب العيون الخلقية شيوعًا عند الأطفال حديثي الولادة هو انسداد القناة الدمعية الأنفية. يتم إنتاج الدموع في الغدة الدمعية التي تقع داخل الجزء الصدغي من الغطاء العلوي. ثم يدورون فوق العين باتجاه النقطة الموجودة في الزاوية الأنفية للعين حيث تتحد حافتا الجفن. عادة، يتم تصريف الدموع من خلال نظام البزل والقناة إلى الكيس الأنفي الدمعي ثم إلى القناة التي تصرف داخل الأنف من خلال صمام هاسنر. عندما يتم إعاقة مسار الصرف، غالبًا على مستوى صمام هاسنر، يظهر المرضى بإفرازات مائية من العين، غالبًا بشكل ثنائي.

الساد الخلقي
إلساد هو عتامة في عدسة العين تتطلب تشخيصًا سريعًا وعلاجًا للوقاية من العمى الجزئي أو الكامل. يمكن أن يكون الساد الخلقي موجودًا عند الولادة ويترافق مع بعض أنواع العدوى الخلقية مثل الحصبة الألمانية أو داء المقوسات أو فيروس الحلأ البسيط أو الفيروس المضخم للخلايا. يمكن أن تتطور أيضًا في الأشهر العديدة الأولى من الحياة بشكل ثانوي للعديد من حالات التمثيل الغذائي، مثل الجالاكتوز في الدم أو اضطرابات الجسيمات فوق التأكسدية، أو في الحالات الوراثية مثل التثلث الصبغي 21 أو متلازمة تيرنر.

الزرق الخلقي
ينقسم الزرق لدى الأطفال إلى أنواع أولية وثانوية اعتمادًا على وجود تشوهات زاوية معزولة (أولية) مقابل تشوهات العين الكامنة الأخرى (الثانوية). قد يكون كلا النوعين موجودين عند الولادة (خلقي) أو يتطوران في أي عمر (رضيع أو حدث). النتيجة الشائعة مع أي شكل من أشكال الزرق هي زيادة ضغط العين، والتي إذا تُركت دون تشخيص أو علاج، يمكن أن تؤدي إلى تلف العصب البصري وفقدان الرؤية. قد تحدث أضرار إضافية، مثل الأخطاء الانكسارية الكبيرة، واللابؤرية، والحول والغطش، نتيجة للزرق الخلقي أو الطفلي، لأن النظام البصري يمر بمراحل حاسمة من التطور أثناء التخيل، وأي اضطراب في المحور البصري ينتج عنها مضاعفات متعددة.